Mysterier (1892) starter med en gåte: Hvem er det som en sommerdag stiger av kystbåten i en liten, flaggsmykket sørlandsby?

Den fremmede viser seg å hete Johan Nilsen Nagel. Han er kledd i en avstikkende gul drakt og har en liten flaske med blåsyre gjemt i vestelommen.

Nagel vekker straks oppsikt med sitt outrerte utseende og sin eksentriske opptreden. Han forelsker seg i prestens datter, Dagny Kielland, som allerede er forlovet, og innleder et vennskap med kystbyens hakkekylling, Minutten. Etter en tid frir han til den hvithårete og fattige Marta Gude, før han til slutt tar sitt eget liv.

Men mysteriene overlever ham: Hvem var han egentlig? Hva skyldtes hans fascinasjon for Minutten? Og har Nagel noe med teolog Karlsens død å gjøre?

Romanen fikk en blandet mottakelse i Norge. Mange så på Nagel som et talerør for forfatteren og lot seg provosere av hans krasse og politisk ukorrekte meninger.